吴江档案馆成立于1959年6月，吴江档案局成立于1981年3月，现局馆合署办公。1990年8月，县地方志编纂职能划入县档案馆；1992年5月，吴江撤县建市，更名为吴江市档案局（馆）；2012年10月，吴江撤市设区，更名为苏州市吴江区档案局（馆）。局馆为区委、区政府直属参照公务员法管理的事业单位，内设办公室、业务指导科（行政服务科）、安全保管科、查档服务科、编研征集科、技术科、地方志编纂科7个科室，拥有全区档案事业行政管理、档案及现行文件的接收保管与开发利用、全区档案信息化建设、史志编纂及其指导等职能。现有在职及聘用人员35人。

吴江区档案馆现址位于中山南路1979号，2006年4月启用，建筑面积7500平方米，其中库房面积2700平方米，设有文书档案库、专门档案库、历史档案库、资料档案库等，安装档案密集架2500立方米。查档接待中心面积300平方米。近年来，每年接待查档人员1万多人次，提供档案资料15000余卷次，利用馆藏档案资料编纂出版档案史料60余种，约2500万字。馆内建立了温湿度自动调控、“110”自动防盗报警、火灾自动报警、阅档监控系统和计算机管理五大系统，并配备了消毒、扫描等设备，保障了档案安全保管。建成了吴江历史文化综合展览、吴江名人展、档案史料陈列室、费孝通与吴江等展厅，现为全省首批中小学档案教育社会实践基地、苏州市爱国主义教育基地和吴江区首批社科普及基地。