本部图书馆，位于校本部中央，共有五层，整个建筑成“口”字形，2003年9月改扩建竣工并投入使用。截至2014年，建筑面积14500平方米 ，本部图书馆的收藏重点是理科类书刊，馆藏有英语、数学、物理、化学、生物、计算机、农学等类书刊50多万册，中外文报刊848种，拥有大型数据库50多个，是苏南地区文献中心。

整个馆舍的东面是行政办公区、南面是业务工作区、西面是读者服务区、北面是书库。业务工作区的一楼为文献建设部，主要负责全馆的文献采购和编目工作；二楼为信息咨询部、信息检索室和信息培训教室，负责为广大读者提供各类信息服务，包括代查代检、查收查引、原文传递、科技查新以及检索培训等服务项目，有检索终端80台；三楼为技术部，负责全馆的网络技术与现代化设备维护；四楼为数字化部，重点负责把纸质文献数字化，以及数字资源的整合等。

读者服务区的一楼为共享大厅，设总咨询台、院士风采廊、电子宣传屏、 OPAC 查询区、图书外借处、服务中心、休闲阅览室等；二楼设新书阅览室、苏大文库和自修室，截至2014年，总阅览座位346个。三楼设期刊阅览室和自修室，截至2014年，总阅览座位296个。四楼电子阅览室（分上网区和视频点播区），设128个上网座位、64个视频点播座位和若干个无线上网座位（读者可自带网卡和手提电脑，免费进行无线上网）；五楼为学术报告厅，可举办各种会议、报告和学术讲座等，设座位242个。