学校初创于1946年2月，原名昆山市私立槃亭中学，原校址为镇古莲池禅院。52年2月更名为私立陈墓初级中学，1956年转为公立，并易名为“昆山县第四初级中学”（简称“县四中”）。1965年9月增设高中班，发展为全日制完全中学，是昆山市经省政府核定的文革前的三所完中之一。1966年6月，“文化大革命”开始，7月易名为“昆山县成茂中学”，其间，1969年2月至1971年4月，学校由昆山红光砖瓦厂接办，校名随之更改为“昆山县红光厂中学”，1982年4月，恢复“昆山县陈墓中学”校名。1989年9月28日昆山撤县建市，学校更名为“昆山市陈墓中学”，1992年11月8日陈墓更名为锦溪镇，翌年4月，学校随镇更名为“昆山市锦溪中学”。为适应新形势需要，实施教育现代化工程，1992年锦溪镇党委政府在镇北开发区重新择址建校，93年9月1日，学校迁移到新校址。1998年9月，锦溪镇调整中学布局，原锦溪二中、三中归并至锦溪中学，形成一镇一中学的格局。