学校初创于1946年2月,原名昆山市私立槃亭中学,原校址为镇古莲池禅院。52年2月更名为私立陈墓初级中学,1956年转为公立,并易名为“昆山县第四初级中学”(简称“县四中”)。1965年9月增设高中班,发展为全日制完全中学,是昆山市经省政府核定的文革前的三所完中之一。1966年6月,“文化大革命”开始,7月易名为“昆山县成茂中学”,其间,1969年2月至1971年4月,学校由昆山红光砖瓦厂接办,校名随之更改为“昆山县红光厂中学”,1982年4月,恢复“昆山县陈墓中学”校名。1989年9月28日昆山撤县建市,学校更名为“昆山市陈墓中学”,1992年11月8日陈墓更名为锦溪镇,翌年4月,学校随镇更名为“昆山市锦溪中学”。为适应新形势需要,实施教育现代化工程,1992年锦溪镇党委政府在镇北开发区重新择址建校,93年9月1日,学校迁移到新校址。1998年9月,锦溪镇调整中学布局,原锦溪二中、三中归并至锦溪中学,形成一镇一中学的格局。